Program studi S2 Tadris Matematika merupakan salah satu program studi pada Pascasarjana IAIN Ambon yang diusulkan keberadaannya bersama dua program studi lain, yaitu: program studi Sosialogi Agama dan Hukum Pidana Islam. Melalui perjuangan mulai dari menyiapkan proposal hingga akhirnya berbuah hasil dengan diterbitkannya surat izin operasional oleh Kementerian Agama Nomor 1183 tahun 2021 tentang Izin Penyelenggaran Program Studi tadris Matematika untuk Program Magister Pada Institut Agama Islam Negeri Ambon.
Pembukaan program studi S2 Tadris Matematika berdasarkan KMA tersebut dirasa perlu karena sejak adanya Program Studi S1 Pendidikan Matematika IAIN Ambon pada tahun 2001, telah pula memiliki alumni yang begitu banyak tersebar di wilayah Maluku. Keberadaan para alumni dan permintaannya agar IAIN Ambon mau membuka Program S2 Pendidikan Matematika, membuat pimpinan Pascasarjana dan para dosen pendidikan matematika IAIN Ambon berupaya untuk menyiapkan program studi S2 Tadris Matematika, walaupun telah ada juga Program S2 Pendidikan Matematika di Universitas Pattimura. Program Studi S2 Tadris Matematika mulai menerima mahasiswa baru pada semester gasal Tahun Akademik 2022-2023. Program Studi S2 Tadris Matematika akan menghasilkan para lulusan yang unggul, kempetetif, dan profesional dalam mengonstruksi dan mengembangkan ilmu pendidikan matematika berbasis kemaritiman.