Kerjasama yang dilakukan oleh PSMTM dengan PS sejenis dari PT lain, baik lokal maupun nasional. Selain itu terdapat juga Kerjasama IAIN Ambon yang di dalamnya juga bernaung PSMTM dengan PT/Lembaga Mitra lain, baik Global, Nasional, Maupun Lokal. Berdasarkan MoU/PKS tersebut kemudian PSMTM melakukan tindak lanjutnya. Berikut MoU/PKS yang dilakukan.
- MoU Universitas Pattimura dan implementasinya
- MoU PTKIN termasuk S2 Pendidikan Matematika UIN Malang, Tadris Matematika UIN Padang Sidempuan, dan IAIN Tulung Agung
- MoU dengan perguruan tinggi dan lembaga lain tingkat internasional
- PS S2 Evaluasi Pendidikan Universitas Negeri Yogyakarta
- PS S2 Pendidikan Matematika Universitas Negeri Yogyakarta
- PS S2 Pendidikan Matematika Universitas Negeri Makassar
- SDM IPTEK BRIN