PSMTM Pascasarjana IAIN Ambon telah mengimplementasikan kebijakan dan prosedur yang telah ditetapkan ke dalam setiap kegiatan Tri dharma PT. Pelaksanaan kegiatan tersebut telah sesuai dengan standar yang telah ditetapkan untuk memastikan kualitas. Kemudian pelaksanaan tersebut diaudit secara berkala oleh Gustu/LPM.