PSMTM sebagai program studi di bawah Pascasarjana IAIN Ambon dan mengikuti semua pedoman maupun aturan-aturan dari IAIN Ambon telah memiliki standar mutu dan indikator kinerja yang ingin dicapai, diantaranya Standar Nasional PT dan standari lain yang dimiliki oleh IAIN Ambon. Ini melibatkan perencanaan dan penyusunan kebijakan serta prosedur yang jelas. Berikut ketetapan-ketetapan Rektor dan Direktur tentang pedoman-pedoman mutu.
SPMI, yang terdiri dari:
SOP pelayanan di PSMTM Pascasarja